聚丙烯酰胺的分子量通常在500-2000万之间，一般来说，分子量越高粘度也就越大，不过，在使用聚丙烯酰胺的时候，并不是分子量使用效果就越好，具体在使用中，要根据实际的应用行业、水质、处理设备等条件，来决定合适的聚丙烯酰胺分子量。
聚丙烯酰胺产品按其平均分子量可分为：低分子量(<100万)、中分子量(200-400万)和高分子量(>700万)三类。国内的高分子聚丙烯酰胺有：非离子聚丙烯酰胺(简写NPAM，分子量800-1500万)、阴离子聚丙烯酰胺(简写APAM，分子量800-2000万)、阳离子聚丙烯酰胺(简写CPAM，分子量800-1200万，离子度10%-80%)。
如果单纯做助凝剂使用的时候，一般分子量越高的话，絮团越紧密，用药越省，但阴离子聚丙烯酰胺的分子量建议不超过2000万。
在污泥脱水方面，如果使用带式压滤机，一般分子量就不能过高，如果分子量很高就可能导致滤布堵塞，影响脱水效果；再比如您使用离心式压滤机，分子量要求就要高一点，因为离心式压滤机要求絮团能够尽量耐剪切，所以要选择分子量相对较高的产品。